Os tamices moleculares de tipo Y teñen unha estrutura hexagonal cercana similar á diamante. Se a gaiola beta se usa como unidade estrutural para substituír os nodos átomos de carbono do diamante, e as dúas gaiolas beta adxacentes están conectadas con gaiolas columnaras hexagonais, é dicir, as cinco gaiolas beta están conectadas xunto con catro gaiolas hexagonais, da que unha gaiola beta está situada no centro e os restos beta. Fórmase a estrutura de cristal de zeolita. Ao continuar ligando con esta estrutura, obtense a estrutura de peneira molecular tipo Y. Nesta estrutura, a gran gaiola formada pola gaiola β e a gaiola columnar hexagonal é unha gaiola de zeolita de oito caras, e os seus buracos de fiestras entrelazadas son doce aneis binarios, cuxo tamaño medio efectivo é de 0,74 nm, que é o tamaño dos poros de tampón molecular de tipo y. X tipo molecular de tipo x e estrutura de peneira molecular tipo Y son exactamente as mesmas, pero a relación de aluminio de sílice molecular de tipo Y de tipo Y é alta, a estabilidade hidrotermal é forte, polo que é máis utilizada.
